日本ルーテル教団は、米国ルーテル教会ミズーリ・シノッドが1948年9月19日に東京チャペル・センターでウィリアム・ダンカー宣教師の就任式を行い、日本宣教開始を公式に宣言したことに始まります。
1951年、民間ラジオ放送が始まると同時に、ルーテル・アワー放送を用いた伝道を展開しました。1968年に会衆主義制度の自治教会となって米国教会から独立し、1976年には自給を達成しました。国際的には「国際ルーテル教会協議会」に加盟し、保守的ルター派の信仰を共有する海外の諸教会との交わりを持っています。
国内的には、1966年、日本福音ルーテル教会と「聖壇と講壇の交わり」を宣言して信仰の一致に基づく交わりをもち、ルーテル学院大学・日本ルーテル神学校において日本福音ルーテル教会と協力して神学教育を行うようになりました。また、1999年にはルーテル世界連盟に準会員として加盟して、全世界のルーテル教会と広く交流を持っています。
その他、教団傘下の教育施設として、埼玉県さいたま市に浦和ルーテル学院小・中・高等学校、埼玉県飯能市に聖望学園中・高等学校を運営しています。